2007年7月3日，云南省水管体制改革工作现场会议在云南普洱市召开。受陈雷部长委派，建管司孙继昌司长参加会议并对云南省水管体制改革情况进行了调研。陈雷部长9月1日在云南水管体制改革调研报告上作出批示：这份调研报告很好，有情况、有总结、有分析、有对策。云南地处西南边陲，经济实力并不强，为何云南在水管体制改革方面能走在前头，能在全省范围内落实"两定"和"两项经费"，他们的经验和做法很值得全国各地学习、借鉴。看来，只要领导重视，政策到位，加大力度，扎实工作，就能够把水管体制改革不断引向深入。
自2002年9月国务院办公厅印发《水利工程管理体制改革实施意见》后，云南省水利厅在省委、省政府的正确领导下，认真贯彻落实国务院文件精神，加强组织领导，强化与有关部门沟通、协调，积极调查研究，注重试点探索，在全国率先基本完成国管水利工程改革任务，改革取得阶段性成果。一是各地水管体制改革方案全部出台。全省16个市(州)和有改革任务的129个县(市、区)全部出台了水管体制改革实施方案。二是理顺了国有水利工程管理体制。国有1028件水利工程全部理顺管理关系，分类定性了管理单位性质，明确了管理权责，健全了管理制度。三是基本落实了"两项"经费。全省水管单位公益性人员支出基本落实(4900多万元)，落实维修养护经费比例达70%(三年累计落实1.5亿多元)，远高于全国平均水平(约36%)。四是同步推进水价改革。对374个水管单位进行了水价改革，其中189个已执行新的水价，每年增加水费收入5300万元，年节约用水近1亿立方米。五是妥善处理改革与稳定关系。妥善安置分流人员263人，建立了4263名职工养老保险（落实比例约60%）。通过水管体制改革，云南初步建立起符合省情、水情的分级负责的水利工程管理体制，精干效能的水管单位运行机制，合理的水价形成机制和水费计收方式，规范的维修养护资金使用管理机制，以及支持改革的相关政策保障体系。
云南作为西部经济欠发达地区，特别是全省129个县(市、区)中有117个县(市、区)靠转移支付，能够在短短几年时间取得上述成绩和进展，率先基本完成国管水利工程管理体制改革任务实属不易。其主要经验和做法是：抓住了"组织领导、政策配套、检查指导、考核奖惩"四个关键，搞好了"试点先行与整体推进相结合、水管体制改革与水价、水利投融资等水利改革相结合、深化内部改革与争取外部支持相结合、锐意改革与妥善安置分流人员相结合"等五个结合，思路清晰，措施得当，推进有力，对推进全国水管体制改革具有很好的借鉴意义。
相较全国其他地方，云南水管体制改革具有以下六个方面的特点：
一是采取有力措施，较好地解决了水利工程维修养护经费问题。云南在推进水管体制改革中，以畅通水利工程维修养护经费渠道、规范水利工程维修养护资金使用为抓手，研究制定了维修养护资金分级筹措办法，自2004年起设立了省级水利工程维修养护岁修资金，并出台了《云南省水利工程维修养护岁修资金项目安排及使用管理试行办法》，每年从省级水利建设基金中拿出30%的资金重点用于补助全省中型及以上公益性水利工程和部分贫困县小（一）型水利工程的维修养护，促进了各地积极开辟资金渠道，着力落实水利工程维修养护经费。如保山市隆阳区将区内4座中型水库公益性部分的维修养护支出50万元纳入区财政预算，实行报帐制，节余部分滚存使用。丽江市永胜县将县级水利建设基金的40%专项作为工程养护资金。三年全省共落实水利工程维修养护资金1.52亿元，较好地解决了水利工程维修养护经费来源问题。
二是理顺管理关系，整合管理机构，较好地解决了水利工程管理体制不顺、职能不清、权责不明、机构臃肿、人浮于事等问题。云南在推进水管体制改革中，认真落实《水利工程管理体制改革实施意见》确定的分级管理原则，将全省国有1028件水利工程(其中，169座大中型水库、445座小（一）型、208座小（二）型水库及206件其它国有水利工程)逐一理顺管理关系，明确管理权责；本着精减机构、提高管理效率的原则，将全省829个国有水管单位整合为451个，每年减少财政支出3000多万元，实现减员增效的双盈目标。如普洱市对城区周边原由电力、农业、环保等部门管理的5座水库进行集中统一管理，成立城区水库管理局，其编制内人员基本支出由市财政负担，既精减了管理机构和管理人员，又提高了管理水平。通过理顺管理关系、整合管理机构等改革措施，较好地解决了水利工程管理体制不顺、职能不清、权责不明、机构臃肿、人浮于事等问题，为促进水利工程管理规范化、专业化，充分发挥水利工程效益提供了体制和机制保障。
